離子液體，因不揮發，不易被吸入，安全性較傳統有機溶劑會高很多。

至于離子液體毒性，研究成果不多，據目前研究成果，可得出結論如下：

• 離子液體毒性比甲醇、乙腈等有機溶劑毒性小2~3個數量級
  

• 咪唑、吡啶、三唑等形成陽離子后，毒性會減小很多

• 陽離子毒性：季銨<吡啶<咪唑<三唑

• 陽離子負電荷原子數增加，有助于降低陽離子毒性

• 芳環結構中，N原子數越多，毒性越大

• 陽離子烷基取代鏈越長，毒性越大（目前還有爭議，有認為不影響）
  

• 陰離子對離子液體毒性影響不大，顯示毒性的原因是陰離子水解作用，如BF₄^-、PF₆^-水解產生F^-導致離子液體顯現更大毒性